Primeiras povoações, capitanias e governo-geral
Depois de fundar São Vicente, no dia 22 de janeiro de 1532, Martim Afonso de Sousa enviou seu irmão, Pero Lopes de Sousa, a Portugal com a missão de informar D. João III sobre o resultado da primeira exploração colonizadora ao Brasil.
Partindo a 22 de maio de 1532, com dois navios, Pero Lopes seguiu no rumo N ao longo do litoral, com destino a Pernambuco, onde pretendia se preparar para a travessia do Atlântico.
Conforme registra seu Diário de Navegação, em 4 de agosto, ele avistou uma nau francesa na ilha de Santo Aleixo, em frente ao rio Serinhaém, que foi por ele atacada e tomada, rumando em seguida para Itamaracá, onde existia uma feitoria portuguesa. Ali, Pero Lopes travou o primeiro combate terrestre registrado no Brasil, contra os franceses que haviam destruído a feitoria portuguesa e levantado outra que guarneceram com trinta homens. Depois de dezoito dias de luta, Pero Lopes venceu os franceses e restabeleceu a feitoria portuguesa que deixou governada por Martins Ferreira, seguindo em 4 de novembro para Portugal.
Por sua vez, a nau Pélerine, que em março havia atacado Itamaracá e deixado a guarnição francesa, foi capturada em Gibraltar, a caminho de Marselha, por uma esquadra portuguesa que patrulhava o estreito e nela encontrou documentos dando conta do ocorrido em Pernambuco e convidando armadores de Marselha e da Itália a enviarem oito ou dez navios ao nordeste do Brasil para ocupá-lo.
Diante dessas notícias, D. João III dividiu as terras descobertas em quinze capitanias hereditárias, cujos títulos foram expedidos em 1534 a doze donatários.
As capitanias hereditárias foram fundamentais para a formação do Brasil, dando início a um processo de ocupação e exploração econômica que aconteceu mais pelo braço e pela espada do particular do que pelo Estado português.
A instalação de um governo-geral em 1549 veio complementar o sistema de capitanias hereditárias, cujos donatários tiveram limitados seus poderes judiciais e passaram a se subordinar militarmente ao governador-geral, que veio incumbido de levantar a “fortaleza de Salvador”.